il videogioco è ambientato nel pianeta tallon IV dove, come spiegato nel primo capitolo della saga, i pirati spaziali sopravvissuti dal primo attacco di samus si rifugiano; iniziando esperimenti sul phazon (liquido estremamente nocivo e pericoloso).
a questo punto samus è costretta ad intervenire.

in questo gioco per la prima volta i giocatori guidano samus in prima persona e non in terza come accadeva in passato, questo conferisce al gioco una maggiore giocabilità.

punto forte di ogni videogioco della serie metroid è quello di accoppiare la componente esplorativa a quella di puro combattimento; rimarcata ancora di più in questo titolo.